monitos <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/primates-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
st_crs(monitos) = 4326
# Capa Geoespacial de cantones
cantones <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_cantones_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
provincias <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_provincias_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
# Cruce espacial con la tabla de cantones, para obtener el nombre del cantón
monitos <-
monitos %>%
st_join(cantones["canton"])
En la tarea se tarbajan con cuatro especies de monitos en Costa Rica.
Monito Araña,Los monos araña tienen extremidades extremadamente largas y colas prensiles. Las colas tienen puntas sin pelo y surcos que se asemejan a huellas dactilares. Los monos tienen cabezas pequeñas con caras sin pelo y fosas nasales anchas.
Monito Ardilla,un primate neotropical perteneciente a la familia Cebidae, posee cola larga, no prensil, con la porción terminal de color negro..
Monito Aullador,se caracterizan porque tienen un hueso hioides desarrollado para realizar esas potentes llamadas, pues este actúa como caja de resonancia natural.
Monito carablanca,muy valioso por su papel como dispersor de semillas y polen.Mono de tamaña mediano.
Se desaroolaran diferentes diseños por los cuales se vizualizaran los datos registrados de estos incluyendo ubicando (provincia y cantón)
# Tabla de registros de presencia
monitos %>%
st_drop_geometry() %>%
dplyr::select(family, species, stateProvince, locality, eventDate) %>%
datatable(
colnames = c("Familia", "Especies", "Provincia", "Localidad", "Fecha"),
options = list(
searchHighlight = TRUE,
language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
)
)
monitos %>%
plot_ly(
labels = ~ tipos,
values = ~ cantidad,
type = "pie",
textposition = "inside",
textinfo = "label+percent"
) %>%
config(locale = "es") %>%
layout(
title = "Numero de monitos",
xaxis = list(
showgrid = FALSE,
zeroline = FALSE,
showticklabels = FALSE
),
yaxis = list(
showgrid = FALSE,
zeroline = FALSE,
showticklabels = FALSE
)
)
## Warning: 'pie' objects don't have these attributes: 'x', 'y', 'mode'
## Valid attributes include:
## 'type', 'visible', 'showlegend', 'legendgroup', 'opacity', 'name', 'uid', 'ids', 'customdata', 'meta', 'hoverlabel', 'stream', 'transforms', 'uirevision', 'labels', 'label0', 'dlabel', 'values', 'marker', 'text', 'hovertext', 'scalegroup', 'textinfo', 'hoverinfo', 'hovertemplate', 'texttemplate', 'textposition', 'textfont', 'insidetextorientation', 'insidetextfont', 'outsidetextfont', 'automargin', 'title', 'domain', 'hole', 'sort', 'direction', 'rotation', 'pull', '_deprecated', 'idssrc', 'customdatasrc', 'metasrc', 'labelssrc', 'valuessrc', 'textsrc', 'hovertextsrc', 'hoverinfosrc', 'hovertemplatesrc', 'texttemplatesrc', 'textpositionsrc', 'pullsrc', 'key', 'set', 'frame', 'transforms', '_isNestedKey', '_isSimpleKey', '_isGraticule', '_bbox'
Araña <- monitos %>%
dplyr::select(species,
stateProvince,
locality,
eventDate,
decimalLatitude,
decimalLongitude) %>%
filter(species == 'Ateles geoffroyi')
Carablanca <- monitos %>%
dplyr::select(species,
stateProvince,
locality,
eventDate,
decimalLatitude,
decimalLongitude) %>%
filter(species == 'Cebus capucinus')
Aullador <- monitos %>%
dplyr::select(species,
stateProvince,
locality,
eventDate,
decimalLatitude,
decimalLongitude) %>%
filter(species == 'Alouatta palliata')
Ardilla <- monitos %>%
dplyr::select(species,
stateProvince,
locality,
eventDate,
decimalLatitude,
decimalLongitude) %>%
filter(species == 'Saimiri oerstedii')
alt <- getData(
"worldclim",
var = "alt",
res = .5,
lon = -84,
lat = 10
)
altitud <-
alt %>%
crop(provincias) %>%
mask(provincias)
rcol <- colorNumeric(c("#DA70D6", "#800080", "#4682B4"),
values(altitud),
na.color = "transparent")
monito_araña <- paste0(
"<b>",
"Especie del primate: ",
"</b>",
(Araña$species),
"<br>",
"<b>",
"Provincia: ",
"</b>",
(Araña$stateProvince),
"<br>",
"<b>",
"Cantón: ",
"</b>",
(Araña$locality),
"<br>",
"<b>",
"Fecha: ",
"</b>",
(Araña$eventDate),
"<br>",
"<b>",
"Cordenadas: " ,
"</b>",
(Araña$decimalLongitude),
"<br>",
(Araña$decimalLatitude)
)
monito_ardilla <- paste0(
"<b>",
"Especie del primate: ",
"</b>",
(Ardilla$species),
"<br>",
"<b>",
"Provincia: ",
"</b>",
(Ardilla$stateProvince),
"<br>",
"<b>",
"Cantón: ",
"</b>",
(Ardilla$locality),
"<br>",
"<b>",
"Fecha: ",
"</b>",
(Ardilla$eventDate),
"<br>",
"<b>",
"Cordenadas: " ,
"</b>",
(Ardilla$decimalLongitude),
"<br>",
(Ardilla$decimalLatitude)
)
monito_aullador <- paste0(
"<b>",
"Especie del primate: ",
"</b>",
(Aullador$species),
"<br>",
"<b>",
"Provincia: ",
"</b>",
(Aullador$stateProvince),
"<br>",
"<b>",
"Cantón: ",
"</b>",
(Aullador$locality),
"<br>",
"<b>",
"Fecha: ",
"</b>",
(Aullador$eventDate),
"<br>",
"<b>",
"Cordenadas: " ,
"</b>",
(Aullador$decimalLongitude),
"<br>",
(Aullador$decimalLatitude)
)
monito_carablanca <- paste0(
"<b>",
"Especie del primate: ",
"</b>",
(Carablanca$species),
"<br>",
"<b>",
"Provincia: ",
"</b>",
(Carablanca$stateProvince),
"<br>",
"<b>",
"Cantón: ",
"</b>",
(Carablanca$locality),
"<br>",
"<b>",
"Fecha: ",
"</b>",
(Carablanca$eventDate),
"<br>",
"<b>",
"Cordenadas: " ,
"</b>",
(Carablanca$decimalLongitude),
"<br>",
(Carablanca$decimalLatitude)
)
monitos %>%
leaflet() %>%
addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.Mapnik, group = "OpenStreetMap") %>%
addProviderTiles(providers$Stamen.TonerLite, group = "Stamen Toner Lite") %>%
addProviderTiles(providers$Esri.WorldImagery, group = "Imágenes de ESRI") %>%
addRasterImage(altitud,
colors = rcol,
opacity = 0.8,
group = "Altitud") %>%
addCircleMarkers(
data = Araña,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = '#7B68EE',
fillOpacity = 1,
popup = monito_araña,
group = "Ateles geoffroyi"
) %>%
addCircleMarkers(
data = Ardilla,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = '#9ACD32',
fillOpacity = 1,
popup = monito_ardilla,
group = "Saimiri oerstedii"
) %>%
addCircleMarkers(
data = Aullador,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = '#F4A460',
fillOpacity = 1,
popup = monito_aullador,
group = "Alouatta palliata"
) %>%
addCircleMarkers(
data = Carablanca,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = '#48D1CC',
fillOpacity = 1,
popup = monito_carablanca,
group = "Cebus capucinus"
) %>%
addLayersControl(
baseGroups = c("OpenStreetMap", "Stamen Toner Lite", "Imágenes de ESRI"),
overlayGroups = c(
"Ateles geoffroyi",
"Cebus capucinus",
"Alouatta palliata",
"Saimiri oerstedii",
"altitud"
)
) %>%
addMiniMap(
tiles = providers$Stamen.OpenStreetMap.Mapnik,
position = "bottomleft",
toggleDisplay = TRUE
)